Une typologie des fonctions des modèles est construite à partir d'un cadre théorique (Nifle) permettant de définir le rapport entre modèle et expérience. Il est admis qu'il existe un lien entre la manière dont on modélise en tant qu'expert ou chercheur et la manière dont on apprend à modéliser en tant qu'étudiant, et que ce lien repose sur le rapport expérience/modèle. La typologie est construite pour le cas particulier des modèles formels (utilisant un formalisme mathématique, statistique ou informatique). Pour chaque type de modèle, une option pédagogique est proposée, en particulier sur l'usage des simulations. Nous obtenons une fonction du modèle, pour « indiquer », pour laquelle nous proposons une pédagogie expérientielle. Un état des lieux de l'enseignement de la modélisation en biologie à l'université est également présenté ainsi que des exemples de modèles.